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預(yù)染蛋白Marker是純化好的一些蛋白，通過與染料共價耦聯(lián)后混合在一起，在電泳過程中或者轉(zhuǎn)膜時可以直接觀察到。預(yù)染蛋白Marker的出現(xiàn)方便了我們的實驗，這種蛋白分子量標準可以幫助我們在電泳時、電泳后，以及轉(zhuǎn)膜后監(jiān)測電泳情況和估計遷移率——比如，已知垂直電泳最佳分辨區(qū)域大約在膠的2/3處，如果使用預(yù)染Marker就可以預(yù)測目標蛋白進入最佳分辨區(qū)時停止電泳以得到最佳分辨效果；如果觀察到Marker電泳異常也可以及時終止電泳；另外在Western Blot轉(zhuǎn)膜以后可以直接觀察蛋白轉(zhuǎn)膜是否，還可以在膜上標記蛋白分子量，所以吸引了許多實驗室人員購買預(yù)染蛋白標準。值得注意的是，預(yù)染蛋白Marker與染料共價耦聯(lián)，所以在不同的緩沖條件下電泳時遷移特性可能會發(fā)生某些變化，可能導(dǎo)致一些偏差，所以不太適合精確定位蛋白——不過多數(shù)情況下Marker的條帶未必能和我們的目標蛋白一樣，我們得到的也不過是一種相對Marker指示的參考大小，最后都需要Western來定性，所以如果不是要區(qū)分大小相近的條帶，預(yù)染Marker還是很好用的，而且也可以和未染色的蛋白標準一起使用。

蛋白Marker定義和用途

蛋白Marker即蛋白分子量標準，是一些已知分子量的蛋白質(zhì)的混合物，像“尺子"一樣用來指示蛋白質(zhì)條帶的大小。在Western Blot過程中，分子量Marker就像個螺絲釘一樣雖然是其中小小的一環(huán)，然而就是這樣一個小細節(jié)對實驗結(jié)果有著不可忽視的作用。Marker的作用主要是用來指示蛋白條帶所對應(yīng)的分子量大小，只有標準量精確無誤了，實驗結(jié)果才有說服力，除此之外，蛋白Marker還有顯示轉(zhuǎn)膜是否成功、以及蛋白在凝膠上的電泳程度等作用，因此選擇正確的蛋白Marker也是Western Blot實驗成功的必要條件之一。

預(yù)染蛋白Marker的分類

預(yù)染蛋白Marker又分單色預(yù)染和多色預(yù)染，單色預(yù)染蛋白Marker通常會利用其中某些條帶加倍濃度加深某些條帶的粗細，來提示其大小的，方便我們快速記憶和區(qū)分各個條帶的大小。而彩色蛋白Marker則用不同的顏色來區(qū)別，更加好辨認。